La población es muy antigua aunque en los años de la colonia no tuvo mayor importancia.
En la República, el 21 de junio de 1.873 fue creada como parroquia rural del cantón Yaguachi, al que perteneció hasta el 17 de septiembre de 1.913 en que al crearse el cantón Milagro pasó a pertenecer a esa nueva jurisdicción.
Finalmente fue cantonizado por decreto del 5 de octubre de 1.972 expedido por el gobierno del Gral. Guillermo Rodríguez Lara, que la integró además con las parroquias rurales Bucay, Lorenzo de Garaycoa, y Marcelino Maridueña. El decreto fue modificado el 15 de diciembre de ese mismo año, y quedó el cantón con su cabecera cantonal en Naranjito y con Barraganetal como parroquia rural.
La historia de Naranjito está plagada de episodios heroicos ocurridos durante la Revolución Liberal, y en sus campos se libró, en el año 1.912, uno de los más sangrientos combates entre los ejércitos revolucionarios alfaristas y los gobiernistas del Gral. Leonidas Plaza Gutiérrez.
Naranjito debe su nombre a que en el lugar existían arbustos de naranjos de montaña o achotillos que fueron llamados naranjitos por los habitantes del lugar.
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